Vírus Sincicial Respiratório (VSR) e Palivizumabe (PVZ)

RSV

a)

Descrever as características clínicas, epidemiológicas e desfechos de crianças ≤ 2 anos de idade, hospitalizadas com diagnóstico de Síndrome Respiratória Aguda Grave (SRAG), comparando pacientes positivos para VSR e pacientes positivos para outros vírus respiratórios

No painél seguinte coloquei Sexo e PVZ, mas posso inserir mais ou substituir pela figura que você achar melhor.

b)

Correlacionar a gravidade da doença com o perfil molecular do VSR

c)

Comparar fatores genéticos das IL28B de susceptibilidade em crianças ≤ 2 anos de idade, previamente saudáveis, sem comorbidades, entre infectadas por RSV e outros vírus respiratórios

Dados recentes da literatura relacionam os SNPs das regiões e rs8099917 da interleucina 28B (IL28B) com susceptibilidade ou proteção para doenças infeciosas.Os polimorfismos SNPs rs12979860 e rs8099917 do gene 28B da interleucina-28B são conhecidos por influenciar a expressão do interferon lambda 3

Para o cálculo dos seguintes p-valores, via teste qui-quadrado, foram descartadas a virologia negativo e os IL28bs não disponíveis

Olhando para o IL28b rs12979860, existe diferença estatísticamente significativa entre as frequências de CC, CT e TT, do vírus RSV para outros vírus? Não, p-valor de 0.298

Olhando para o IL28b rs8099917, existe diferença estatísticamente significativa entre as frequências de TT, TG e GG, do vírus RSV para outros vírus? Não, p-valor de 0.198

Agora,

Olhando para o IL28b rs12979860 apenas no vírus RSV, existe diferença estatísticamente significativa entre as frequências de CC, CT e TT? Sim, p-valor de 0.000144

Olhando para o IL28b rs8099917 apenas no vírus RSV, existe diferença estatísticamente significativa entre as frequências de TT, TG e GG? Sim, p-valor de 0.00000000000000181 (1.81e-15)

Olhando para o IL28b rs12979860 apenas nos outros vírus, existe diferença estatísticamente significativa entre as frequências de CC, CT e TT? Não, p-valor de 0.674

Olhando para o IL28b rs8099917 apenas nos outros virus, existe diferença estatísticamente significativa entre as frequências de TT, TG e GG? Sim, p-valor de 0.0000147

Olhando para o IL28b rs12979860, existe diferença estatísticamente significativa entre as frequências de CC, CT e TT, do vírus RSV para outros vírus? Não, p-valor de 0.656

Olhando para o IL28b rs8099917, existe diferença estatísticamente significativa entre as frequências de TT, TG e GG, do vírus RSV para outros vírus? Não, p-valor de 0.634

Agora,

Olhando para o IL28b rs12979860 apenas no vírus RSV, existe diferença estatísticamente significativa entre as frequências de CC, CT e TT? Sim, p-valor de 0.0224

Olhando para o IL28b rs8099917 apenas no vírus RSV, existe diferença estatísticamente significativa entre as frequências de TT, TG e GG? Sim, p-valor de 0.0000000127

Olhando para o IL28b rs12979860 apenas nos outros vírus, existe diferença estatísticamente significativa entre as frequências de CC, CT e TT? Não, p-valor de 0.627

Olhando para o IL28b rs8099917 apenas nos outros virus, existe diferença estatísticamente significativa entre as frequências de TT, TG e GG? Sim, p-valor de 0.00549

# A tibble: 10 x 5
   Par   Negativo `Outros\nvírus`   RSV Total
   <chr>    <dbl>           <dbl> <dbl> <dbl>
 1 CC/GG        2               0     3     5
 2 CC/TG        0               1     1     2
 3 CC/TT       16              20    33    69
 4 CT/GG        1               1     0     2
 5 CT/TG       32              13    58   103
 6 CT/TT       11              11    22    44
 7 TT/GG        7               6     5    18
 8 TT/TG        3               9    12    24
 9 TT/TT       22               8    38    68
10 Total       94              69   172   335

Olhando apenas para os sem comorbidade

# A tibble: 10 x 5
   Par   Negativo `Outros\nvírus`   RSV Total
   <chr>    <dbl>           <dbl> <dbl> <dbl>
 1 CC/GG        1               0     3     4
 2 CC/TG        0               1     0     1
 3 CC/TT       11              12    20    43
 4 CT/GG        1               0     0     1
 5 CT/TG       14              11    33    58
 6 CT/TT        8               6    12    26
 7 TT/GG        4               5     4    13
 8 TT/TG        2               5     8    15
 9 TT/TT       16               4    24    44
10 Total       57              44   104   205

Retirado os negativos

# A tibble: 2 x 10
  Tipo            `CC/GG` `CC/TG` `CC/TT` `CT/GG` `CT/TG` `CT/TT` `TT/GG` `TT/TG` `TT/TT`
  <chr>             <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>
1 "Outros\nvírus"       0       1      12       0      11       6       5       5       4
2 "RSV"                 3       0      20       0      33      12       4       8      24
# A tibble: 4 x 4
  SNPs  QuiQuadrado    df `p-valor`
  <chr>       <dbl> <dbl>     <dbl>
1 CC/TT         2       1  0.157   
2 CT/TG        11       1  0.000911
3 CT/TT         2       1  0.157   
4 TT/TT        14.3     1  0.000157

PVZ

a)

Analisar características clínicas e epidemiológicas dos lactentes elegíveis para uso do palivizumabe, adesão às doses e principais critérios de indicação

Doses Liberadas Realizadas AdesãoPerc
1 290 290 100.000
2 281 277 98.577
3 245 242 98.776
4 206 199 96.602
5 153 140 91.503 

        Média StandardDeviation   n
[1,] 6.015203          5.420977 296
# A tibble: 2 x 4
  Sexo      `mean(IdadeIm)` `sd(IdadeIm)` `n()`
  <chr>               <dbl>         <dbl> <int>
1 Feminino             5.79          5.04   147
2 Masculino            6.24          5.78   149

b)

Avaliar dados clínicos e epidemiológicos dos lactantes que apresentaram falhas de prevenção pós-imunoprofilaxia e avaliar possíveis casos de resistência ao anticorpo monoclonal

Hipóteses a serem testadas

a)

As infecções por VSR são mais graves em pacientes pediátricos < 2 anos, comparadas a infecções por outros vírus respiratórios.

Olhando para internamento UTI, existe diferença estatísticamente significativa entre RSV e outros vírus? Sim, p-valor de 0.00158

# A tibble: 2 x 3
  Virologia         Não   Sim
  <chr>           <int> <int>
1 "Outros\nvírus"    94    19
2 "RSV"             133    69
# A tibble: 1 x 4
  statistic p.value parameter method                                                      
      <dbl>   <dbl>     <int> <chr>                                                       
1      9.98 0.00158         1 Pearson's Chi-squared test with Yates' continuity correction

Olhando para tempo total de internamento, existe diferença estatísticamente significativa em termos de tempo médio entre RSV (média de 9.97, 202 pacientes) e outros vírus (média de 9.38, 113 pacientes)? Não, p-valor de 0.468

# A tibble: 1 x 10
  estimate estimate1 estimate2 statistic p.value parameter conf.low conf.high method     alternative
     <dbl>     <dbl>     <dbl>     <dbl>   <dbl>     <dbl>    <dbl>     <dbl> <chr>      <chr>      
1   -0.585      9.38      9.97    -0.727   0.468      266.    -2.17     0.999 Welch Two… two.sided

Olhando para desfecho, existe diferença estatísticamente significativa entre RSV e outros vírus? Sim, p-valor de 0.016

# A tibble: 2 x 3
  Virologia        Alta Óbito
  <chr>           <int> <dbl>
1 "Outros\nvírus"   109     4
2 "RSV"             202     0
# A tibble: 1 x 6
  estimate p.value conf.low conf.high method                             alternative
     <dbl>   <dbl>    <dbl>     <dbl> <chr>                              <chr>      
1        0  0.0160        0     0.835 Fisher's Exact Test for Count Data two.sided

Olhando para internação prévia, existe diferença estatísticamente significativa entre RSV e outros vírus? Sim, p-valor de 0.0000137

# A tibble: 2 x 3
  Virologia         Não   Sim
  <chr>           <int> <int>
1 "Outros\nvírus"    72    41
2 "RSV"             173    29
# A tibble: 1 x 4
  statistic   p.value parameter method                                                      
      <dbl>     <dbl>     <int> <chr>                                                       
1      18.9 0.0000137         1 Pearson's Chi-squared test with Yates' continuity correction

Olhando para score gravidade, existe diferença estatísticamente significativa entre RSV e outros vírus? Sim, p-valor de 0.00123

# A tibble: 2 x 4
  Virologia        Leve Médio Grave
  <chr>           <int> <int> <int>
1 "Outros\nvírus"    33    54    26
2 "RSV"              59    60    83
# A tibble: 1 x 4
  statistic p.value parameter method                    
      <dbl>   <dbl>     <int> <chr>                     
1      13.4 0.00123         2 Pearson's Chi-squared test

b)

Fatores genéticos influenciam em maior suscetibilidade à infecção pelo VSR em crianças previamente saudáveis e sem comorbidades

IL28Bs? Se sim, já analizado.

c)

A utilização de imunização passiva com PVZ diminui a frequência e gravidadade das infecções por RSV em pacientes pediátricos de alto risco

Olhando para virologia RSV e score gravidade, grave. Diferença estatísticamente significativa, p-valor de 0.0000000000000363 (3.63e-14)

# A tibble: 2 x 2
  PVZ       n
  <chr> <int>
1 Não      76
2 Sim       7
# A tibble: 1 x 4
  statistic  p.value parameter method                                  
      <dbl>    <dbl>     <dbl> <chr>                                   
1      57.4 3.63e-14         1 Chi-squared test for given probabilities

New figures

P-values and new new figures

Pós-qualificação

Em vermelho: p < 0.05; em amarelo: 0.05 < p < 0.2
variable pvalue p<0.2 test
Virologia 0.0224 Yes Chi-square
Coinfecção com RSV 0.1119 Yes Chi-square
rs12979860 0.5703 No Chi-square
rs8099917 0.1089 Yes Chi-square
Genótipo 0.1126 Yes Chi-square
Sexo 0.1726 Yes Chi-square
PVZ 0.2159 No Chi-square
Diagnóstico 0.3072 No Chi-square
Classificação FR 0.8279 No Chi-square
Esforço respiratório 0.7843 No Chi-square
Comorbidade 0.0008 Yes Chi-square
ComorbidadeN 0.0037 Yes Chi-square
Saturação de O2 0.0003 Yes Chi-square
Catet./Masc. 0.0126 Yes Chi-square
Uso de antibiótico 0.0000 Yes Chi-square
Raio-X do tórax 0.0310 Yes Chi-square
Co-infecção bacteriana 0.0022 Yes Chi-square
Tosse 0.0003 Yes Chi-square
Coriza 0.0002 Yes Chi-square
Febre 0.5033 No Chi-square
Temperatura 0.1092 Yes Chi-square
Sibilos 0.1892 Yes Chi-square
Cianose 0.0000 Yes Chi-square
tabagismo ambiente 0.0036 Yes Chi-square
Internação prévia 0.7875 No Chi-square
Frequenta creche 0.0272 Yes Chi-square
Irmão em creche (S/N) 0.1309 Yes Chi-square
Score gravidade 0.0000 Yes Chi-square
Peso Nasc. 0.0157 Yes t-test
Peso atual 0.0000 Yes t-test
Idade Gestacional 0.0124 Yes t-test
Idade 0.0012 Yes t-test
FREQ.RESP. 0.0643 Yes t-test
dUTI 0.0000 Yes t-test
tempo 0.0000 Yes t-test
Sat. de O2 admissão 0.0000 Yes t-test

136 patients with severity yes (28%) and 332 no (71%).

Estimativas (parâmetros/betas do modelo)

term estimate
(Intercept) -1.5502
Cianose -0.0079
Co_infecção_bacteriana_Sim -0.0048
Coinfecção_com_RSV -0.1462
Comorbidade_Sim 0.1435
ComorbidadeN_X1 -0.0660
ComorbidadeN_X2 0.1768
FREQRESP 0.0276
Genótipo_B 0.0598
Genótipo_Não.disponível -0.0352
Idade -0.1327
Peso_atual_Não.disponível 0.0000
Peso_atual_X.1.41e.03.5.8e.03. 0.1799
rs8099917_Não.disponível -0.0663
rs8099917_TG -0.0735
rs8099917_TT -0.2491
RX_Condensação_opacidade 0.2006
RX_Hiperinsuflação 0.0071
RX_Infiltrado_instersticial -0.0154
RX_Normal 0.0567
RX_Outros -0.0061
Sat_de_O2_admissão 0.0320
Saturação_de_O2_maior95 0.0151
Saturação_de_O2_menor90 -0.2905
Score_gravidade_Leve -1.9029
Score_gravidade_Médio -1.7891
Sexo_Masculino 0.2887
Sibilos -0.3062
Temperatura_Hiportermia….36. 0.0113
Temperatura_Normotermia….36…..37. -0.0385
Uso_de_antibiótico_Sim 0.5172
Virologia_Outros.vírus -0.2192
Virologia_RSV 0.0111

Probabilidades (intercepto/nível de referência: 0.1750571)

Característica Probabilidade Diferença
Cianose 0.174 -0.001
Co_infecção_bacteriana_Sim 0.174 -0.001
Coinfecção_com_RSV 0.155 -0.020
Comorbidade_Sim 0.197 0.022
ComorbidadeN_X1 0.166 -0.009
ComorbidadeN_X2 0.202 0.027
FREQRESP 0.179 0.004
Genótipo_B 0.184 0.009
Genótipo_Não.disponível 0.170 -0.005
Idade 0.157 -0.018
Peso_atual_Não.disponível 0.175 0.000
Peso_atual_X.1.41e.03.5.8e.03. 0.203 0.028
rs8099917_Não.disponível 0.166 -0.009
rs8099917_TG 0.165 -0.010
rs8099917_TT 0.142 -0.033
RX_Condensação_opacidade 0.206 0.031
RX_Hiperinsuflação 0.176 0.001
RX_Infiltrado_instersticial 0.173 -0.002
RX_Normal 0.183 0.008
RX_Outros 0.174 -0.001
Sat_de_O2_admissão 0.180 0.005
Saturação_de_O2_maior95 0.177 0.002
Saturação_de_O2_menor90 0.137 -0.038
Score_gravidade_Leve 0.031 -0.144
Score_gravidade_Médio 0.034 -0.141
Sexo_Masculino 0.221 0.046
Sibilos 0.135 -0.040
Temperatura_Hiportermia….36. 0.177 0.002
Temperatura_Normotermia….36…..37. 0.170 -0.005
Uso_de_antibiótico_Sim 0.263 0.087
Virologia_Outros.vírus 0.146 -0.029
Virologia_RSV 0.177 0.002

Chances

Característica Chance Aumentou
Cianose 0.992 Não
Co_infecção_bacteriana_Sim 0.995 Não
Coinfecção_com_RSV 0.864 Não
Comorbidade_Sim 1.154 Sim
ComorbidadeN_X1 0.936 Não
ComorbidadeN_X2 1.193 Sim
FREQRESP 1.028 Sim
Genótipo_B 1.062 Sim
Genótipo_Não.disponível 0.965 Não
Idade 0.876 Não
Peso_atual_Não.disponível 1.000 Igual
Peso_atual_X.1.41e.03.5.8e.03. 1.197 Sim
rs8099917_Não.disponível 0.936 Não
rs8099917_TG 0.929 Não
rs8099917_TT 0.780 Não
RX_Condensação_opacidade 1.222 Sim
RX_Hiperinsuflação 1.007 Sim
RX_Infiltrado_instersticial 0.985 Não
RX_Normal 1.058 Sim
RX_Outros 0.994 Não
Sat_de_O2_admissão 1.033 Sim
Saturação_de_O2_maior95 1.015 Sim
Saturação_de_O2_menor90 0.748 Não
Score_gravidade_Leve 0.149 Não
Score_gravidade_Médio 0.167 Não
Sexo_Masculino 1.335 Sim
Sibilos 0.736 Não
Temperatura_Hiportermia….36. 1.011 Sim
Temperatura_Normotermia….36…..37. 0.962 Não
Uso_de_antibiótico_Sim 1.677 Sim
Virologia_Outros.vírus 0.803 Não
Virologia_RSV 1.011 Sim